Fonds ancien : manuscrits médiévaux (dont les manuscrits de Cîteaux), modernes ou contemporains, incunables

Fonds culinaire, gastronomique et œnologique

Fonds Bourgogne : fonds documentaire sur la Bourgogne, production des éditeurs de la région

Dépôt légal imprimeur (livres et revues, affiches, gravures, cartes postales, cartes et plans, … imprimés en Bourgogne)

Iconographie : estampes, photographies, cartes postales, affiches, cartes et plans

Monnaies et médailles

Bibliophilie : livres d'artiste et reliures

Fonds particuliers, notamment d'imprimés :
* fonds Marillier : œuvres de littérature illustrées par Clément-Pierre Marillier, dessinateur et graveur dijonnais (1740-1808)
* fonds Delmasse : ouvrages sur la Bourgogne, du XVI^e s. à la première moitié du XIX^e s. , donnés par M. Delmasse en 1841
* fonds Gaspard-Auguste Brullé : bibliothèque scientifique de Gaspard-Auguste Brullé, doyen de la faculté des sciences de Dijon (1809-1873), ethnographie et linguistique
* fonds Charles Huard, humoriste et illustrateur de dessins humoristiques, peintre, graveur, caricaturiste, décorateur et maître d'œuvre (1874-1965) : ouvrages liés à la création artistique et intellectuelle de Charles Huard ; auteurs anglais (fin XIX^e-début XX^e s.), ouvrages anciens et littérature classique
* fonds Philippe Milsand, bibliothécaire (1818-1892) : volumes et portefeuilles rassemblant des brochures, placards et publications administratives concernant la Bourgogne (XVIII^e-XIX^e s.)
* fonds Saverot, président de chambre à la Cour de Dijon : manuscrits et imprimés sur la Bourgogne, dont des recueils de factums bourguignons (XVIII^e s.), réunis par M. Saverot et donnés par sa veuve en 1881
* fonds Jules Marion, chartiste dijonnais (1818-1886) : incunables et reliures pontificales, formant une série complète de Pie V à Pie IX (1501-1900)
* fonds Legras : pays de l’Est et Russie
* fonds Legendre : Asie
* fonds Virely : ouvrages rares et précieux provenant du bibliophile Guilbert de Pixérécourt, écrivain lorrain et aïeul de Lous Virely ; collection bourguignonne, éditions originales de Bossuet, autographes, documents sur la famille Virely et le village d'Écutigny (Côte-d’Or), histoire, géographie et littérature bourguignonnes, théologie, reliures remarquables
* fonds de l'Observatoire réuni au XIX^e siècle par Alexis Perrey

Collection de manuscrits modernes et contemporains, papiers d'érudits :
* fonds Ernest Petit : manuscrits sur l'histoire de la Bourgogne, réunis par Ernest Petit, historien (1835 1918)
* fonds Raoul de Juigné : fonds régional composé de manuscrits (notices et pièces généalogiques sur la Bourgogne) et de recueils de pièces sur la fin de l'Ancien Régime et sur la période révolutionnaire (1789-1815)
* fonds Carnot : manuscrits et imprimés du XVIII^e siècle sur la Bourgogne, dont des recueils de factums bourguignons, réunis par l’avocat dijonnais Toussaint Bullier et donnés par le capitaine Sadi-Carnot en 1894
* fonds Duxin : copies très soignées de la presque totalité de la littérature patoisante de Bourgogne (XVI^e-XIX^e s.)
* fonds Henri Breuil, maître chocolatier et collectionneur dijonnais, bibliophile, numismate et amateur d'art (188-1971) : manuscrits et imprimés concernant la Bourgogne et l'histoire de Dijon, reliures remarquables, estampes, médailles et monnaies
* papiers du musicien et compositeur Joseph Samson, de l'abbé Reinert (clergé de la Côte-d'Or), etc.